以亞磷酰胺寡核苷酸合成為例介紹DNA合成儀的一般操作步驟。亞磷酰胺DNA合成的試劑有：保護堿基的5/—DMT，A、G、C、T亞磷酰胺單體，四唑偶聯催化劑，乙酐，N—甲基咪唑封閉試劑，三***(TCA)脫保護溶液，12氧化混合物，乙腈清洗溶劑，氨水切除溶液。DNA合成儀的使用步驟如下： 1)仔細檢查合成儀上所有試劑瓶中的試劑量，必要時換掉試劑瓶，特別注意乙腈的量，因為該溶劑用量較大。
2)將標記好的清潔的收集瓶裝在合成儀上。
3)將要合成的DNA序列輸入合成儀。
4)檢查選擇的合成步驟是否正確。
5)選擇結束方法：TritylOffAuto是儀器的原始狀態，若打算以5，—DMT基團連接純化寡核苷酸，將其轉變為TritylOnAuto結束狀態。
6)選擇結束方法，一般為系統的原始狀態。
7)在每個柱監視器的Username下，輸入你所希望的保存名字。
8)以代碼代替相應的DNA序列標記每一個收集瓶。
9)打印出每一個柱設置的詳細資料。
10)檢查打印出來的資料是否正確。
11)運行StartColumn步驟檢查每一個柱的位置，確保合成儀上合成柱處于正確的位置。
12)檢查連接在合成儀上的溶劑殘留(廢液瓶)是否充滿。
13)如果分部收集器用來收集每個DMT脫保護步驟的流出物，確保試管充分清潔干凈，并打開分部收集器，確保DMT廢液管路通向分部收集器。
14)啟動循環，運行開始程序清洗試劑管路，除去原來的試劑。
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